Lute ao lado de seus irmãos pelos esgotos, metrôs e ruas de Nova York para derrubar a organização maligna de Shredder e Krang, Foot by Foot. Liberte habilidades de combate personalizadas e poderosos combos de equipe para salvar Manhattan das esmagadoras forças das trevas que crescem nas sombras.

À noite, no topo do prédio do TCRI, Krang e Shredder se encontram no heliporto do arranha-céu para confirmar que tudo está pronto para sua aliança em direção a um objetivo não especificado. Em um gesto do Destruidor, centenas de soldados do Clã a Pé descem sobre a cidade, iniciando uma onda de crimes titânicos que joga a cidade no caos. Em seu covil nas profundezas das ruas, as Tartarugas discutem a onda de crimes com Splinter e April O'Neil, concluindo que são obrigados pela honra a proteger a cidade e saem para fazer exatamente isso, embora Michelangelo ainda esteja no meio de uma pizza, ele se sente igualmente "obrigado pela honra" a terminar. Enquanto patrulham os telhados, as Tartarugas notam Soldados de Pé se esgueirando pelo território dos Dragões Roxos e vão para as ruas para investigar a anomalia e eliminar os ninjas rivais. Ao evitar os crimes do Pé em torno da área, eles reúnem informações suficientes para April deduzir que Bebop está roubando o banco local e confrontar o mutante no cofre com movimentos ninjas devastadores e trocadilhos ainda piores. Derrotado, Bebop faz um buraco na parede e escapa deixando para trás sua mochila cheia de dinheiro roubado. Leonardo, Raphael e Donatello se perguntam por que Bebop se daria ao trabalho de roubar o lugar apenas para deixar seu saque para trás. Enquanto isso, Mikey está ocupado tentando tirar proveito de uma pilha de notas que ele roubou, pedindo um pedido de algumas mil pizzas e palitos de pão... um pedido que ele tem que cancelar porque as outras Tartarugas claramente não estão se divertindo. Investigando a atividade interrompida do metrô, as Tartarugas descobrem que uma tonelada de danos foi feita nas caixas de interruptores dos sistemas, desligando linhas inteiras e arriscando futuras colisões. A quantidade de escombros indica força possivelmente baseada em mutantes em vez de armas ninja simples. Eles descobrem uma estação próxima já desligada e infestada não apenas de ninjas do Pé, mas também de Soldados da Rocha da Dimensão X. Depois de completar objetivos suficientes, eles obtêm as informações necessárias para desligar uma grade de laser e avançar para uma linha ativa, onde devem enfrentar ondas de Mousers, bem como Soldados da Rocha maiores para desligar uma série de bombas e uma grade de laser final antes de avançar para um confronto com Rocksteady em uma estação abandonada. Embora derrotado, o rinoceronte promete às Tartarugas que o caos até agora é "apenas o começo", usando um trem de metrô que se aproxima para desaparecer nas sombras.