Compared to DonPachi, DoDonPachi is generally known for introducing new gameplay elements while improving or changing existing ones. O pano de fundo geral do jogo, ao contrário das sequências seguintes, permanece mais ou menos centrado em torno de uma suposta invasão por uma misteriosa raça de alienígenas mecanizados, que o jogador é chamado a enfrentar ao longo de sua corrida. However, more sinister and shocking secrets lie beneath the surface, accessible only to those brave and skilled enough to clear the entire game.