Como Ellen Ripley, cabe a você completar a última missão a bordo da Nostromo. O resto da tripulação está morta. Em uma tentativa desesperada de sobreviver, você deve definir a autodestruição da nave e tentar alcançar a nave auxiliar de fuga.

Começa com uma foto da Mãe processando dados e exibindo o texto "INTERFACE 2037 PRONTA PARA CONSULTA. AVALIAÇÃO DE POTENCIAIS PROCEDIMENTOS para ESCAPAR DA NOSTROMO. " A tela então corta para preto e lembra a discussão da tripulação restante sobre como eles vão se arriscar no ônibus espacial. A tela então corta para Ripley no compartimento de ancoragem da lançadeira, contatando Parker em relação aos cilindros de refrigerante. Pouco tempo depois, Ripley ouve o Alien atacar os dois, com Ripley ouvindo seus gritos frenéticos. Ao alcançá-los no Convés C, ela percebe que é tarde demais, apenas encontrando os cadáveres de seus colegas de tripulação na sala. Ela tira o cartão-chave de Parker de seu corpo para destrancar a porta para o controle de engenharia. Lá, ela é capaz de reverter um bloqueio de navio para acessar a área onde o sistema de autodestruição está localizado. Ripley chega ao destino e inicia o sistema de autodestruição. O jogo então replica a sequência do filme original em que Ripley corre pelos corredores de uma Nostromo que perece sob a coação do Alien. Quando ela consegue embarcar no Narciso, a tela fica preta e depois corta para uma tela do sistema de transmissão do Narciso, com a voz de Ripley sendo ouvida. Ela então entrega seu monólogo final visto no final do filme original: "Relatório final da nave estelar comercial Nostromo. Terceiro oficial reportando. Os outros membros da tripulação - Kane, Lambert, Parker, Brett, Ash e Capitão Dallas, estão mortos. Carga e navio destruídos. Devo chegar à fronteira em cerca de seis semanas. Com um pouco de sorte, a rede vai me buscar. Esta é Ripley, última sobrevivente da Nostromo, assinando. " À medida que a tela fica preta pela segunda vez, uma linha extra de diálogo pode ser ouvida: "Vejo você em breve Amanda. Seja uma boa menina, eu te amo."