Qualquer caminho que Kyle Katarn escolher mudará a face da galáxia para sempre. Star Wars Jedi Knight: Dark Forces II continua a história de Kyle Katarn, um jovem mercenário que se infiltrou com sucesso no Império, enquanto embarca em uma missão para descobrir seu passado e aprender os caminhos dos Jedi. A fim de proteger a galáxia, Katarn deve confrontar os assassinos de seu pai, liderados pelo Jedi das Trevas Jerec, e impedi-los de obter os misteriosos poderes de um "Vale dos Jedi", um ponto focal para o poder Jedi e um cemitério Jedi. Enquanto Katarn embarca em sua jornada para derrotar os Jedi Sombrios, ele também deve moldar seu destino, escolhendo seguir o lado da luz ou o lado sombrio.