O sexto capítulo da série Ace Combat explora a Guerra Belkan, um conflito devastador mencionado em Ace Combat 5. No modo de história principal do jogo, o jogador assume o controle de um piloto mercenário, indicativo "Cipher", participando da Guerra Belkan, avançando em missões de combate aéreo, escolta, assalto e defesa. A história é contada através dos olhos de um repórter, 10 anos após o conflito, descobrindo segredos da guerra ao entrevistar alguns dos pilotos que o jogador abate.