Perfect Dark é um videogame de ação desenvolvido pela Rare e lançado para o console portátil Game Boy Color em 2000. Como uma prequela de sua contraparte do Nintendo 64, o jogo segue a agente Joanna Dark enquanto ela completa seu treinamento no centro de pesquisa do Instituto Carrington e descobre informações contra a corporação rival dataDyne. A jogabilidade gira em torno de atirar em oponentes e completar objetivos como resgatar reféns ou recuperar itens. O jogo também inclui um modo multiplayer onde dois jogadores podem competir um contra o outro em vários modos deathmatch.

Situado no início de 2022, Perfect Dark segue a agente Joanna Dark durante os estágios finais de sua formação no Instituto Carrington, um centro de pesquisa fundado por Daniel Carrington. Depois de completar seu treinamento, Joanna é enviada em uma missão para destruir uma fábrica de ciborgues na selva sul-americana. A instalação é administrada por Mink Hunter e produz armas de alta tecnologia para operações terroristas. Joanna completa sua missão com sucesso, matando Hunter e destruindo toda a instalação. Ela então relata que, durante seu pouso na selva, testemunhou uma aeronave sendo abatida e anotou as coordenadas. Carrington descobre que há um OVNI na área e que a dataDyne, a corporação rival do Instituto Carrington, está fugindo com os destroços alienígenas. Joanna é enviada para investigar o local do acidente, mas é capturada e levada para a nave de pesquisa Pelagic I, junto com os destroços alienígenas. Um alienígena eventualmente resgata Joanna, dizendo-lhe que ela deve reunir o máximo de informações possível sobre os destroços alienígenas e, em seguida, afundar o Pelagic I. Depois de ter sucesso, Joanna diz a Carrington que os destroços pertenciam a uma raça alienígena chamada Skedar. A situação muda abruptamente quando o Instituto Carrington é invadido por uma equipe de ataque da dataDyne que espera destruir qualquer evidência contra eles. Joanna defende o Instituto Carrington e seu trabalho lhe rende reconhecimento suficiente para participar de sua próxima missão. O jogo termina com o Instituto Carrington realizando mais investigações sobre a dataDyne.