Até três jogadores, como Battletoads, lutam contra alienígenas e roedores mutantes através de seis níveis para salvar o universo da Rainha das Trevas. O jogo também inclui níveis verticais e bônus. Cada Sapo tem seu próprio ataque característico e, como de costume para a série, os jogadores podem derrubar inimigos em direção à tela, quebrando a quarta parede. A Rare tomou maiores liberdades com a violência e o sangue no Battletoads Arcade, já que o produto não era destinado a consoles domésticos. Foi o primeiro jogo da Rare a usar a tecnologia de gráficos 3D que foi implementada em Donkey Kong Country e Killer Instinct. Embora o jogo tenha sido bem testado e parecesse financeiramente viável, a editora hesitou em lançar o jogo. Um port para o Super Nintendo estava em produção, mas foi cancelado. O jogo recebeu sua estreia no console quando foi emulado no Rare Replay de 2015, uma compilação de jogos da história da Rare para o Xbox One.

Ela está de volta... a Rainha das Trevas, é isso. Desta vez, sua maldade está à espreita perto da frota de defesa da Corporação Galáctica a bordo de seu foguete perverso, o Gargantua. Nossos brinquedos caseiros estão prestes a roncar contra a Rainha e seus companheiros vilões, Big Blag e Robo-Manus. Mas a sempre cautelosa Rainha das Trevas não está se arriscando, e desta vez ela trouxe alguns novos reforços na forma de novos vilões como o General Verme e o Rato Robô!