A história começa com uma cena em que Steven está ensinando você sobre lutar com um Pokémon. Quando você termina de aprender, você é solicitado a escolher um Pokémon dos três iniciantes de Sinnoh. Então, você terá que derrotar Líderes de Ginásio, coletar Emblemas e assim por diante até você conheceu o Team Hunter, uma equipe liderada por dezesseis treinadores conhecidos como Chaos Sixteenth. Eles tentam coletar Placas de Pokémon lendários para invocar o Deus dos Pokémon, Arceus...