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O jogo se passa no ano de 2171, 50 anos após os eventos de Front Mission 5: Scars of the War. Durante o século 22, as superpotências mundiais olham para o espaço em busca de expansão e começaram a construir grandes estruturas chamadas elevadores orbitais. Com um número crescente de satélites de vigilância e tecnologias espaciais sendo desenvolvidas, uma atmosfera ao estilo da Guerra Fria se instala à medida que os sindicatos supranacionais usam essas tecnologias para vigiar seus adversários na Terra. O enredo de Front Mission Evolved gira em torno do engenheiro da USN Dylan Ramsey. Como engenheiro da desenvolvedora de armas Diable Avionics, Dylan começa a testar um protótipo de wanzer em Long Island, Nova York. No meio do teste do wanzer, forças desconhecidas começam a atacar a cidade de Nova York e seu elevador orbital, Percival. Preocupado com a segurança de seu pai na cidade, ele parte para Nova York dentro do protótipo. Enquanto viaja pela cidade para chegar ao Laboratório Nacional de Pesquisa Estratégica (NSRL), Ramsey ajuda as forças da USN a combater os assaltantes desconhecidos. Depois de lutar contra vários wanzers, veículos e aeronaves inimigas, Dylan chega às instalações da NSRL assim que os mísseis são lançados no prédio. Com seu pai aparentemente morto, ele enfrenta o atacante, Marcus Seligman, da Carruagem do Apolo. A luta é interrompida quando o elevador orbital começa a desabar na cidade de Nova York. Após o colapso de Percival, Dylan é recrutado para o Exército da USN enquanto se prepara para a guerra contra a União Cooperativa da Oceania.