O Professor Layton pode ser um detetive mundialmente famoso, mas até ele precisará de sua ajuda para desvendar esses quebra-cabeças desafiadores. Com a caneta Nintendo DS na mão, é hora de reunir alguma força mental!

Conheça o Professor Layton, arqueólogo de renome mundial e entusiasta de quebra-cabeças. Seu amigo e mentor, Dr. Andrew Schrader, faleceu misteriosamente ao tomar posse da misteriosa Caixa Elísia. A única pista é uma passagem de trem para o Expresso Molentário, encontrada na casa do Dr. Schrader. Com seu fiel assistente Luke a reboque, o Professor Layton deve embarcar no Expresso Molentário - sem saber dos segredos que o aguardam.