Punição: A história de Gray Raven se passa em um futuro pós-apocalíptico. A descoberta da "Tecnologia de Fusão" levou a humanidade a uma rápida Era de Ouro do desenvolvimento científico. No entanto, devido à natureza ambiciosa e à curiosidade da humanidade, seu impulso para os tabus da ciência fundemental acaba criando o que condenará a civilização; O Vírus Punidor.

A história do jogo se passa em um mundo pós-apocalíptico invadido por inimigos cibernéticos corrompidos causados pelo "Vírus Punidor". Os últimos remanescentes e sobreviventes da humanidade escaparam para a estação espacial e fortaleza da Babilônia. O jogador assume o papel de Comandante de um esquadrão de elite de Construtos conhecido como Corvo Cinzento. O jogador liderará o esquadrão para lutar contra os Corrompidos e outras forças opostas para retomar o planeta.