Kingdom Hearts Re: Coded é um remake de Kingdom Hearts Coded que foi lançado para dispositivos móveis, apenas no Japão. O jogo se passa após os eventos de Kingdom Hearts II, quando o Diário do Falcão (onde os eventos de Kingdom Hearts I e II são registrados) fica infestado de insetos. Para decodificar as informações no diário e depurá-las, King Mickey, Donald, Pateta e Grilo Falante as digitalizam. Com a ajuda de uma Sora digital, recriada a partir do código da Revista, eles começam a explorar os Mundos na revista para revelar o que está faltando. Aumentar o nível e ganhar habilidades instalando chips e desbloqueando Habilidades de Suporte e expansões de Comando e Acessórios na Matriz de Estatísticas. A Matrix também inclui Afinadores de Trapaça que são usados para alterar elementos de jogabilidade, como dificuldade do jogo, taxas de queda de itens, etc. Além dos elementos regulares de RPG de ação da série Kingdom Hearts, o jogo inclui elementos de jogabilidade de outros gêneros. Em alguns Mundos ou Chefões, a mecânica do jogo muda completamente. Alguns são níveis de tiro em terceira pessoa ou side-scrolling, e até mesmo RPG baseado em turnos. Depois de chegar a um certo ponto do jogo, cada Mundo pode ser revisitado para tentar obter pontuações mais altas, encontrar novas áreas e fazer algumas missões secundárias.

Kingdom Hearts Re:coded segue a história de Pato Donald, Pateta, Grilo Falante e Rei Mickey no Castelo Disney após os eventos de Kingdom Hearts II. Grilo Falante estava tentando organizar o que é conhecido como Diário do Falcão depois de completar sua aventura com Sora quando notou uma linha que dizia "Obrigado Naminé". Olhando mais adiante, ele descobre uma mensagem no diário que ele não colocou lá que afirma "Sua mágoa será remendada quando você voltar para terminá-la. " King Mickey digitaliza o diário e o leva para o mundo simulado na esperança de descobrir mais. Ele desperta Data-Sora na versão digital Destiny Islands e pede que ele reencene o conteúdo do diário na tentativa de descobrir a identidade daqueles que estão "sofrendo".