Ace Attorney 6 continua a investigação e o tribunal de seus antecessores, no qual os jogadores assumem o papel dos advogados de defesa; Phoenix Wright, Apollo Justice e Athena Cykes, e tentam defender seus clientes. The game continues the 3D navigation introduced in Phoenix Wright: Ace Attorney − Dual Destinies, allowing players to navigate environments from various angles. Junto com o retorno de elementos de jogabilidade, como a Matriz de Humor introduzida em Dual Destinies, o jogo introduz a Visão Média Espiritual, na qual os jogadores veem as memórias das vítimas momentos antes de suas mortes e devem encontrar contradições em seus cinco sentidos para determinar o que realmente aconteceu.

A história de Ace Attorney 6 mais uma vez se concentra no advogado de defesa Phoenix Wright e seus dois substitutos Apollo Justice e Athena Cykes. Phoenix gets reunited with his longtime friend and spirit medium companion, Maya Fey, while visiting the island of Kurain, where lawyers are deemed unnecessary as spirit mediums are able to conjure up visions of a victim's memories moments before death. Como sempre, Phoenix e Maya procuram provar que mesmo um método supostamente definitivo de condenar réus tem suas próprias contradições, enquanto Apollo e Athena ficam em casa e têm seu próprio conjunto de casos para lidar. Trucy Wright, filha de Phoenix, torna-se réu de Apollo depois que uma morte ocorre durante um de seus shows.