O aparecimento da Super Nova do Caranguejo nos céus despertou a metade leve da força. Ten, descendente do Herói original da Atlântida, guarda dentro de si a chave do mistério. Ele está destinado a uma aventura no Tibete, onde gradualmente descobrirá seu destino a partir de um velho xamã enrugado. Da busca à jornada celestial, seu caminho estará repleto de armadilhas e enigmas que ele deve resolver para restabelecer a ordem e o equilíbrio do Universo criado há centenas de anos. Se ele falhar, a metade sombria da força triunfará e trará de volta os tempos de caos mais uma vez. Atlantis II mergulha você em uma aventura diferente de qualquer outra. Descubra belos cenários, quebra-cabeças misteriosos, personagens incomuns e criaturas estranhas.

Neste jogo de aventura, leve Dez, o Portador da Luz, através de sua jornada para Shambhala para enfrentar o Portador das Trevas para que o equilíbrio possa ser devolvido ao Universo. Para encontrar Shambhala, ele deve reunir as peças que compõem a "estrada para Shambhala" de diferentes locais e períodos de tempo – China, Irlanda e Yucatán. Você começa a bordo de um navio nas montanhas do Tibete, que funciona como base. À medida que as peças são encontradas e colocadas no lugar, Dez é misticamente transportado para locais exóticos e se tornará personagens diferentes. Cada "capítulo" pode ser jogado em qualquer ordem, uma vez que cada um é independente com seus próprios quebra-cabeças, objetos e pessoas. Embora cada capítulo seja autônomo, a recompensa final de cada um é outro pedaço da "estrada para Shamballa". Yucatán O personagem do capítulo de Yucatán é Tepec, um fiel seguidor do rei de uma cidade local. O reino de Tepec está em apuros porque seu deus protetor, Quetzalcoatl (a Serpente Emplumada), adormeceu e, como resultado, grandes infortúnios acontecem ao reino; a safra de milho está morrendo e um rei rival faz uma campanha para conquistar o reino de Tepec. Então Tepec é designado com a missão de ir para a terra dos mortos, Xibalba, e despertar Quetzalcoatl para receber chulel, o sangue divino que tem poderes de dar vida. Irlanda Dez é transformado em Felim, um monge que vive em um mosteiro irlandês nos primeiros séculos do cristianismo. Ele descobre um vestígio vivo de um antigo rei irlandês e então começa a interagir com um conjunto de personagens de um antigo mito que está escrito em um livro na biblioteca do mosteiro. Seu objetivo final é ajudar os personagens a chegar ao final da história. China Neste capítulo, Dez está no corpo de um funcionário público chinês viajante que está preso em um mosteiro porque uma sombra fantasma está bloqueando a entrada. Como o abastecimento de água está acabando, ele decide usar a ajuda do Mestre das Direções para viajar para uma versão chinesa da terra dos mortos para consultar um mestre imortal do excorcismo. Shamballa Shamballa é um lugar de fantasia, que atua como uma tela final de proteção entre a base e a prisão das Trevas. A Rainha Rhea, uma personagem da prequela da série, está esperando lá para ligar a história entre os dois jogos e guiar Dez até o nível final do jogo, que não é outro senão o afundado Atlantis.