O objeto misterioso que brilhou no céu azul por inúmeras gerações e era adorado pelos homens como um deus era, na verdade, uma enorme estrutura feita pelo homem. E agora, a vigília silenciosa que se pensava que duraria para sempre chegou ao fim. Séculos se passaram desde os eventos da RefleX e a humanidade mais uma vez alcançou a civilização. Agora, a tecnologia antiga nascida de uma mente distorcida coloca em movimento uma cadeia de eventos destinados a trazer a retribuição divina sobre a humanidade. A chave para trazer a aniquilação é Kamui, uma nave de combate baseada na tecnologia de fusão cerebral ‘Teoria Xaffiquel'. Este instrumento gêmeo da destruição da humanidade carrega um terrível segredo que, ironicamente, provará ser a única esperança da humanidade para a salvação.