Uma nova fenda se abre entre a Terra e o reino do mal. Recusando-se a sucumbir às forças demoníacas que ameaçam Tóquio, o povo alista os talentos de Hibana. Com sua espada na mão, ela sozinha deve lutar contra a legião da Prole Infernal e devolver a paz à Terra. Libere ataques em cadeia para destruir inúmeros inimigos. Esmague o mal com a poderosa Magia Ninja. Execute ataques aéreos devastadores e manobras de defesa. Lute em cima de caças, caminhões em movimento e muito mais. Nightshade é a sequência direta do renascimento Shinobi de 2002 e segue as façanhas de uma kunoichi, uma shinobi feminina, chamada Hibana.

Em Nightshade, o jogador joga como Hibana, uma contraparte feminina de Shinobi'​s Hotsuma. Ela é uma ninja empregada pelo governo encarregada da eliminação de membros da Corporação Nakatomi, que inadvertidamente desencadeou o inferno na Tóquio futurista. Ela também recebe ordens para recuperar os fragmentos de "Akujiki", a lendária espada amaldiçoada que Hotsuma usou para selar a cria do inferno da última vez.