À medida que uma cidade pacífica se torna vítima de extrema violência e agitação, um samurai chega com a capacidade de mudar o destino da cidade. Em Way of the Samurai 2, você assumirá o papel do Samurai no Japão feudal e lutará para salvar a cidade de Amahara. Agora você pode experimentar técnicas tradicionais de Samurai, com movimentos realistas de luta de espadas e mais de 60 espadas poderosas. Se você libertar os inocentes ou se juntar aos corruptos, suas decisões afetam o final do jogo.

O jogador, um ronin faminto (Samurai sem um lorde), desmaia no portão de uma renomada cidade comercial chamada Amahara. Quando auxiliado por uma garotinha, o ronin é então apresentado à vida de um samurai, cujas decisões podem dar origem a várias facções ou levar à sua destruição, ou mesmo ficar fora da política dessas facções.