A aposentadoria pacífica de Abe foi destruída quando visitado por uma visão dos Três Estranhos. Abe descobriu que o Cartel Magog estava minerando Necrum, a cidade sagrada dos mortos dos Mudokons, para coletar ossos para fazer a Super Viciante Cerveja Tempestade de Almas. Depois de libertar os espíritos Mudokon aprisionados nos Cofres Mudanchee e Mudomo, Abe ganhou poderes assustadores dos Estranhos, incluindo a capacidade de curar seus amigos Mudokon do vício SoulStorm e o poder de se tornar invisível. Infiltrando-se no centro de transporte do Depósito FeeCo e usando peidos explosivos para sobreviver a aventuras no Quartel Slig e Bonewerks, Abe invadiu a Cervejaria SoulStorm. Lá, Abe descobriu a verdade por trás do ingrediente secreto do SoulStorm Brew... pouco antes de explodir o lugar em átomos com o poder combinado do Mudokon sóbrio que ele resgatou. Então Abe se juntou a seus amigos na Alf's Rehab & Tea para tomar a cura – a jornada de uma vida começa com um passo. Ou são doze?

O jogo continua a história de Abe, traçando seus esforços para salvar seus companheiros Mudokons de outra trama dos Glukkons para explorá-los. Abe descobre que os Glukkons estão escravizando os Mudokons, desta vez para produzir uma bebida chamada Soulstorm Brew, que usa ossos e lágrimas dos Mudokons como ingredientes. Abe deve viajar para a Cervejaria Tempestade de Almas, parar esses vilões corporativos e salvar os trabalhadores Mudokon escravizados.